硬件方面，卫星的寿命直接影响整个导航系统的服务质量，但现阶段我国导航卫星的设计使用寿命只有8年，后阶段将着力把卫星寿命延长至10~12 年。除了零件制造技术要跟上之外，北斗导航系统还存在诸多不足，比如卫星超出了现有地面基站的测控范围，以及如何保证定位精确度等难题依然有待解决。

　　此前,诺基亚曾计划与中国合作，将北斗芯片装载在诺基亚的智能设备上，但因为当时芯片尺寸过大而没有达成实质合作，尽管经过数年的攻关芯片尺寸得以缩小，但依然只能适用于诸如渔船、电站、通信基站和汽车等大型设备上。

　　卫星分布方面，其密度有待提高，否则精度很难达到GPS 的水准。目前GPS卫星共有32颗，分布在六个轨道面，其中两个轨道面各有6颗，尚不确定实际在使用的卫星数目。而北斗系统直到2020年才有可能达到 20颗卫星的分布，仅从卫星的密度来看，北斗未来一段时间内依然很难与GPS相媲美。

　　算法方面，由于北斗的研究事实上是军方主导，导航系统的算法并未对外公布。不过，即便当前北斗导航的位置精度不够，但时间精度足够，在大型设备的使用上基本能满足要求，如果不考虑成本因素，为完成产业战略布局，还是够用的;但对于量大面广、价格敏感、用户自由选择度高的手机定位、乘用汽车导航设备而言，大规模产业化还有很长的路要走。正是因为上述不足，因此目前项目组采取的策略就是兼容GPS。一方面尽可能地在实际使用过程中发现问题，另一方面利用现有的GPS服务填补精度上的空缺，并逐步实现替代。